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SpaProx

完成模型训练和预测可以参考tutorial.ipynb

需要在根目录创建logs文件夹,用于记录训练过程。

需要在根目录创建data文件夹存放空间转录组数据,我的data文件夹已上传至google drive

其中包含的数据集如下所示

  1. 公开的 mouse brain sagittal anterior

  2. 公开的 human lymph node

  3. DLPFC:

spatial

h5

ground Truth

  1. mouse brain:

single data

annotation

visium data

region annotation

本项目使用 python 和R两种语言,python所需的依赖库见requirements.txt

R所需的包见spagene.R