Merge pull request #230 from ncbo/develop

Develop to master merge, release v5.33.4
ontoportal · Nov 22, 2024 · 536cbe5 · 536cbe5
2 parents 0ce77f2 + 6389fa2
commit 536cbe5
Show file tree

Hide file tree

Showing 7 changed files with 1,982 additions and 41 deletions.
diff --git a/Gemfile.lock b/Gemfile.lock
@@ -37,6 +37,7 @@ GEM
       public_suffix (>= 2.0.2, < 7.0)
     ansi (1.5.0)
     ast (2.4.2)
+    base64 (0.2.0)
     bcrypt (3.1.20)
     bigdecimal (3.1.8)
     builder (3.3.0)
@@ -55,15 +56,12 @@ GEM
       launchy (>= 2.1, < 4.0)
       mail (~> 2.7)
     eventmachine (1.2.7)
-    faraday (2.12.1)
-      faraday-net_http (>= 2.0, < 3.5)
-      json
-      logger
-    faraday-net_http (3.4.0)
-      net-http (>= 0.5.0)
-    ffi (1.17.0-aarch64-linux-gnu)
-    ffi (1.17.0-arm64-darwin)
-    ffi (1.17.0-x86_64-linux-gnu)
+    faraday (2.8.1)
+      base64
+      faraday-net_http (>= 2.0, < 3.1)
+      ruby2_keywords (>= 0.0.4)
+    faraday-net_http (3.0.2)
+    ffi (1.17.0)
     hashie (5.0.0)
     htmlentities (4.3.4)
     http-accept (1.7.0)
@@ -99,8 +97,6 @@ GEM
       minitest (>= 2.12, < 5.0)
       powerbar
     multi_json (1.15.0)
-    net-http (0.5.0)
-      uri
     net-http-persistent (2.9.4)
     net-imap (0.4.18)
       date
@@ -129,7 +125,7 @@ GEM
     pry (0.15.0)
       coderay (~> 1.1)
       method_source (~> 1.0)
-    public_suffix (6.0.1)
+    public_suffix (5.1.1)
     racc (1.8.1)
     rack (2.2.10)
     rack-test (0.8.3)
@@ -167,6 +163,7 @@ GEM
     rubocop-ast (1.36.1)
       parser (>= 3.3.1.0)
     ruby-progressbar (1.13.0)
+    ruby2_keywords (0.0.5)
     rubyzip (1.3.0)
     simplecov (0.22.0)
       docile (~> 1.1)
@@ -186,7 +183,6 @@ GEM
     timeout (0.4.2)
     tzinfo (0.3.62)
     unicode-display_width (2.6.0)
-    uri (1.0.2)
     uuid (2.3.9)
       macaddr (~> 1.0)
 

diff --git a/...ontologies_linked_data/services/submission_process/operations/submission_rdf_generator.rb b/...ontologies_linked_data/services/submission_process/operations/submission_rdf_generator.rb
@@ -196,9 +196,12 @@ def generate_missing_labels_each(artifacts = {}, logger, paging, page_classes, p
         if prefLabel_lang.nil? || no_default_prefLabel
           lang_rdfs_labels = c.label(include_languages: true)
 
-          lang_rdfs_labels = {none: []} if lang_rdfs_labels.to_a.empty? ||
-              lang_rdfs_labels.is_a?(Array) ||
-              (no_default_prefLabel && lang_rdfs_labels.is_a?(Hash) && (lang_rdfs_labels.keys & [portal_lang, :none]).empty?)
+          if lang_rdfs_labels.to_a.empty? ||
+            lang_rdfs_labels.is_a?(Array) ||
+            (no_default_prefLabel && lang_rdfs_labels.is_a?(Hash) && (lang_rdfs_labels.keys & [portal_lang, :none]).empty?)
+            lang_rdfs_labels = lang_rdfs_labels.is_a?(Hash) ? lang_rdfs_labels : {}
+            lang_rdfs_labels[:none] = []
+          end
 
           lang_rdfs_labels.each do |lang, rdfs_labels|
             if rdfs_labels && rdfs_labels.length > 1 && c.synonym.length > 0
@@ -216,12 +219,9 @@ def generate_missing_labels_each(artifacts = {}, logger, paging, page_classes, p
               label = LinkedData::Utils::Triples.last_iri_fragment c.id.to_s
             end
 
-            if lang === :none
-              lang = nil
-              prefLabel = label
-            end
-            prefLabel = label if !prefLabel && lang === portal_lang
-            prefLabel = label unless prefLabel
+            lang = nil if lang === :none
+            prefLabel = label
+
             artifacts[:label_triples] << LinkedData::Utils::Triples.label_for_class_triple(
               c.id, Goo.vocabulary(:metadata_def)[:prefLabel], prefLabel, lang)
           end

diff --git a/test/data/ontology_files/BRO_v3.2.owl b/test/data/ontology_files/BRO_v3.2.owl
@@ -645,7 +645,53 @@
         <rdfs:label xml:lang="fr">Gestion des échantillons biologiques</rdfs:label>
         <core:prefLabel xml:lang="fr">Biospecimen Management</core:prefLabel>
     </owl:Class>
-
+
+
+
+    <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Catalog -->
+
+    <owl:Class rdf:about="&activity;Catalog">
+        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&activity;Activity"/>
+        <rdfs:isDefinedBy rdf:resource="http://www.w3.org/TR/vocab-dcat/"/>
+        <skos:definition xml:lang="da">En samling af metadata om ressourcer.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="it">Una raccolta curata di metadati sulle risorse (ad es. sui dataset e relativi servizi nel contesto di cataloghi di dati).</rdfs:comment>
+        <rdfs:label xml:lang="es">Catálogo</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="ar">فهرس قوائم البيانات</rdfs:label>
+        <skos:scopeNote xml:lang="en">Datasets and data services are examples of resources in the context of a data catalog.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="da">En udvalgt og arrangeret samling af metadata om ressourcer (fx datasæt og datatjenester i kontekst af et datakatalog). </rdfs:comment>
+        <skos:definition xml:lang="en">A curated collection of metadata about resources.</skos:definition>
+        <skos:definition xml:lang="el">Μια επιμελημένη συλλογή μεταδεδομένων περί συνόλων δεδομένων.</skos:definition>
+        <skos:editorialNote xml:lang="en">Multilingual text not completelly updated. Translations for skos:scopeNote and definitions to doublecheck.</skos:editorialNote>
+        <rdfs:label xml:lang="it">Catalogo</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="cs">Katalog</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="da">Katalog</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="fr">Une collection élaborée de métadonnées sur les jeux de données.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="ja">データ・カタログは、データセットに関するキュレートされたメタデータの集合です。</rdfs:comment>
+        <rdfs:label xml:lang="el">Κατάλογος</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="ja">データ・カタログは、データセットに関するキュレートされたメタデータの集合です。</skos:definition>
+        <skos:scopeNote xml:lang="es">Normalmente, un catálogo de datos disponible en la web se representa como una única instancia de esta clase.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="es">Una colección curada de metadatos sobre recursos (por ejemplo, conjuntos de datos y servicios de datos en el contexto de un catálogo de datos).</rdfs:comment>
+        <skos:scopeNote xml:lang="cs">Webový datový katalog je typicky reprezentován jako jedna instance této třídy.</skos:scopeNote>
+        <skos:scopeNote xml:lang="it">Normalmente, un catalogo di dati nel web viene rappresentato come una singola istanza di questa classe.</skos:scopeNote>
+        <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class"/>
+        <skos:definition xml:lang="cs">Řízená kolekce metadat o datových sadách a datových službách.</skos:definition>
+        <skos:definition xml:lang="es">Una colección curada de metadatos sobre recursos.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="fr">Une collection élaborée de métadonnées sur les jeux de données</rdfs:comment>
+        <skos:scopeNote xml:lang="da">Et webbaseret datakatalog repræsenteres typisk ved en enkelt instans af denne klasse.</skos:scopeNote>
+        <skos:scopeNote xml:lang="en">A web-based data catalog is typically represented as a single instance of this class.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:label xml:lang="ja">カタログ</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="it">Una raccolta curata di metadati sulle risorse.</skos:definition>
+        <rdfs:label xml:lang="en">Catalog</rdfs:label>
+        <skos:scopeNote xml:lang="ja">通常、ウェブ・ベースのデータ・カタログは、このクラスの1つのインスタンスとして表わされます。</skos:scopeNote>
+        <rdfs:label xml:lang="fr">Catalogue</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="ar">مجموعة من توصيفات قوائم البيانات</skos:definition>
+        <skos:scopeNote xml:lang="el">Συνήθως, ένας κατάλογος δεδομένων στον Παγκόσμιο Ιστό αναπαρίσταται ως ένα στιγμιότυπο αυτής της κλάσης.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="el">Μια επιμελημένη συλλογή μεταδεδομένων περί συνόλων δεδομένων</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="en">A curated collection of metadata about resources (e.g., datasets and data services in the context of a data catalog).</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="ar">مجموعة من توصيفات قوائم البيانات</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="cs">Řízená kolekce metadat o datových sadách a datových službách</rdfs:comment>
+    </owl:Class>
+
 
 
     <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Community_Engagement -->
@@ -738,11 +784,13 @@
     <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Regulatory_Compliance -->
 
     <owl:Class rdf:about="&activity;Regulatory_Compliance">
+        <rdfs:label rdf:datatype="&xsd;string">Regulatory Compliance</rdfs:label>
+        <rdfs:label rdf:datatype="&xsd;string">Standard Compliance</rdfs:label>
+        <rdfs:label rdf:datatype="&xsd;string">Statutory Compliance</rdfs:label>
         <rdfs:subClassOf rdf:resource="&activity;Activity"/>
         <desc:definition rdf:datatype="&xsd;string">As defined in http://en.wikipedia.org/wiki/Regulatory_compliance</desc:definition>
-        <core:prefLabel rdf:datatype="&xsd;string">Regulatory Compliance</core:prefLabel>
     </owl:Class>
-    
+
 
 
     <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Research_Funding -->
@@ -761,6 +809,8 @@
         <rdfs:subClassOf rdf:resource="&activity;Activity"/>
         <desc:definition rdf:datatype="&xsd;string">Management and communications within the laboratory setting (http://www.umuc.edu/programs/undergrad/certificates/lab_mgmt.shtml)</desc:definition>
         <core:prefLabel rdf:datatype="&xsd;string">Research Lab Management</core:prefLabel>
+        <core:prefLabel xml:lang="fr">Gestion du laboratoire de recherche</core:prefLabel>
+        <core:prefLabel xml:lang="it">Gestione del laboratorio di ricerca</core:prefLabel>
     </owl:Class>
 
 

diff --git a/test/data/ontology_files/BRO_v3.5.owl b/test/data/ontology_files/BRO_v3.5.owl
@@ -634,6 +634,52 @@
 
 
 
+    <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Catalog -->
+
+    <owl:Class rdf:about="&activity;Catalog">
+        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&activity;Activity"/>
+        <rdfs:isDefinedBy rdf:resource="http://www.w3.org/TR/vocab-dcat/"/>
+        <skos:definition xml:lang="da">En samling af metadata om ressourcer.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="it">Una raccolta curata di metadati sulle risorse (ad es. sui dataset e relativi servizi nel contesto di cataloghi di dati).</rdfs:comment>
+        <rdfs:label xml:lang="es">Catálogo</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="ar">فهرس قوائم البيانات</rdfs:label>
+        <skos:scopeNote xml:lang="en">Datasets and data services are examples of resources in the context of a data catalog.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="da">En udvalgt og arrangeret samling af metadata om ressourcer (fx datasæt og datatjenester i kontekst af et datakatalog). </rdfs:comment>
+        <skos:definition xml:lang="en">A curated collection of metadata about resources.</skos:definition>
+        <skos:definition xml:lang="el">Μια επιμελημένη συλλογή μεταδεδομένων περί συνόλων δεδομένων.</skos:definition>
+        <skos:editorialNote xml:lang="en">Multilingual text not completelly updated. Translations for skos:scopeNote and definitions to doublecheck.</skos:editorialNote>
+        <rdfs:label xml:lang="it">Catalogo</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="cs">Katalog</rdfs:label>
+        <rdfs:label xml:lang="da">Katalog</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="fr">Une collection élaborée de métadonnées sur les jeux de données.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="ja">データ・カタログは、データセットに関するキュレートされたメタデータの集合です。</rdfs:comment>
+        <rdfs:label xml:lang="el">Κατάλογος</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="ja">データ・カタログは、データセットに関するキュレートされたメタデータの集合です。</skos:definition>
+        <skos:scopeNote xml:lang="es">Normalmente, un catálogo de datos disponible en la web se representa como una única instancia de esta clase.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="es">Una colección curada de metadatos sobre recursos (por ejemplo, conjuntos de datos y servicios de datos en el contexto de un catálogo de datos).</rdfs:comment>
+        <skos:scopeNote xml:lang="cs">Webový datový katalog je typicky reprezentován jako jedna instance této třídy.</skos:scopeNote>
+        <skos:scopeNote xml:lang="it">Normalmente, un catalogo di dati nel web viene rappresentato come una singola istanza di questa classe.</skos:scopeNote>
+        <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class"/>
+        <skos:definition xml:lang="cs">Řízená kolekce metadat o datových sadách a datových službách.</skos:definition>
+        <skos:definition xml:lang="es">Una colección curada de metadatos sobre recursos.</skos:definition>
+        <rdfs:comment xml:lang="fr">Une collection élaborée de métadonnées sur les jeux de données</rdfs:comment>
+        <skos:scopeNote xml:lang="da">Et webbaseret datakatalog repræsenteres typisk ved en enkelt instans af denne klasse.</skos:scopeNote>
+        <skos:scopeNote xml:lang="en">A web-based data catalog is typically represented as a single instance of this class.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:label xml:lang="ja">カタログ</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="it">Una raccolta curata di metadati sulle risorse.</skos:definition>
+        <rdfs:label xml:lang="en">Catalog</rdfs:label>
+        <skos:scopeNote xml:lang="ja">通常、ウェブ・ベースのデータ・カタログは、このクラスの1つのインスタンスとして表わされます。</skos:scopeNote>
+        <rdfs:label xml:lang="fr">Catalogue</rdfs:label>
+        <skos:definition xml:lang="ar">مجموعة من توصيفات قوائم البيانات</skos:definition>
+        <skos:scopeNote xml:lang="el">Συνήθως, ένας κατάλογος δεδομένων στον Παγκόσμιο Ιστό αναπαρίσταται ως ένα στιγμιότυπο αυτής της κλάσης.</skos:scopeNote>
+        <rdfs:comment xml:lang="el">Μια επιμελημένη συλλογή μεταδεδομένων περί συνόλων δεδομένων</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="en">A curated collection of metadata about resources (e.g., datasets and data services in the context of a data catalog).</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="ar">مجموعة من توصيفات قوائم البيانات</rdfs:comment>
+        <rdfs:comment xml:lang="cs">Řízená kolekce metadat o datových sadách a datových službách</rdfs:comment>
+    </owl:Class>
+
+
+
     <!-- http://bioontology.org/ontologies/Activity.owl#Community_Engagement -->
 
     <owl:Class rdf:about="&activity;Community_Engagement">