System builder for 100 chains - comment line too long for grompp

[kesavanekambaram]

Hi,
I am trying to coarse-grain a protein with 100 chains with each chain having 140 residues using martinize2 but I got an error during the grompp minimization step stating
Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer
passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '; CCCCCCCSSSCSSCSCSS'

the martinize2 has built all the 100 chains in a single file rather than separate files. I tried with -sep also it still dint build the files separately. The system was built correctly while using martini2.

the command I used
; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep

Could anyone help me out in solving this error?

Thank you

with regards
Srinivasan

[fgrunewald]

@kesavanekambaram what version of martinize2 are you running? (use martinize2 --version)

[kesavanekambaram]

I am using martinize with vermouth 0.9.1 in my ubuntu system.

[fgrunewald]

@pckroon this feels like a bug we've seen before that should be fixed already. However, I cannot remember.

[pckroon]

My first guess is that it's a Windows/Unix line-ending thing.

@kesavanekambaram Did you generate the top/itp on Windows, and are you running grompp on linux? Some text editors (such as vim) will show the windows line endings as ^M characters. If that's the case, the program dos2unix can fix it.

[kesavanekambaram]

@pckroon I have built the system from c-alpha to all-atom using PULCHRA in Ubuntu. No use of windows for my study.

[fgrunewald]

@pckroon I think this rules out end-of-line characters. I'd argue it has to do with the fact that the command/comment line on top of the itp file is too long.

@kesavanekambaram could you post the first 100 lines of the generated itp file?

[kesavanekambaram]

@pckroon @fgrunewald Please find the 100 lines of the generated itp file

; This file was generated using the following command:
; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep
; martinize with vermouth 0.9.1
; The following sequence of secondary structure 
; was used for the full system:
; CCCCCCCSSSCSSCSCSSSCCCSSCSSCCSCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCSSTTCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSCSSSSSSCCCCCSSCCCCCCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSSSSCSCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCSCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCCCCCCSCCSCCCSCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCSSCCCCSCSSSCCCCCCCCCSSSCCCSCSSSSSCSSSCSSSCCCCCCCCCCCCCSSSSCCSCCCSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCSCCCCCCCSSSCCSCCCSSSCSSCSSSSSSCSCCCCSCCCCSSCSSCCCCTTSSCCCCCCCCCCCCSHHHHSCCCSSCCCCCCSCCCSCCCCCSCCSCCCSSSCCCCSSSSSCCCCCCSCSSSTTSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSSSCCSSCSSCCSSSCCSSSCSSSCCCCCCCCCSSSCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCSSSSCSCCSCCSCSSCCSCSSTTCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCCCCSSCSCSSCCCCCCSSSSCSCCCCCCSCCCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSSCCSSSSSTTCCCCCSSSCCSCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSSSSCCSCCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCSCCCSSCCCCCSCCCCCSSCCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSTTTCCCCSCSTTCSSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSSCCTTTTTTCCCCCSSCCCCCCSSCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCCCSSCCSSSSCSCCSCSSSCCCSCCCCSCCCCCCCSSSSCSSCSCCSCSSCCSSSSSSSSCSSCCSSCCCCCTTSSSCCSCCCCSCCCCSCSSSSCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCSSCSSSCSSCCCCCSSSCCCCSCCCSSSBCSSSSCBCCCCSCCCSCCSCCCCSSTTCCCCCCCCCSSCSSSSCCCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSCSSSCCCSCSCCCCCCCSCCSSCCSSCSCCCCSCCCSSCCCCCSSTTCCCCSCCCCTTCSSCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSTTTCCSSSSSCCCSSCSSSSSSSCCSSSCCCCCCCSSCCCCSSSSSCCCCSCCCCSCCCCCSSSSCCCCCCCCCCSSCSCSSCSSCCCSSCCCCCCSCSCSCSSCCCCSSSCTTTTCSCCSSSSSCCSSSCCCCSCCCSSSCCCCCCSSCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCSCSSSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSSCCSSCSSSSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCTTCCCCCSSSCCCSCCCCCSSCSCCCSSSCCSSCSSTTSCCSCCCCCSCCSSSCSSCCCSSCCCSCSCSBTTBCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCSCSCCSSCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCSSTTTTCCCCSCCSSSCCSSCSCSCCCCCCCTTSCCCCCCCSSCCCSSSSSCCCSCSCSCCTTCCSSCCCCSSCSCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCSCCCSSCCCCSCCCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCCCCSCCCCSSCSSSCSSCCCCCCCCCCSCCCSSSCCSSSCCCCSCSSCCCCSSSCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCSCSSCSCCCSCCSCCSSSCCCSSCSSSCCCCCCCTTCCSCCSSCCCSCCCSSCSCCCSSSCSCCCCCCSSCCCCTTTTSSCCSSCSSCCCCCCSCCCCCSSCCCCCCSCSSCSCCCCSCSSSSCCCTTCSCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSCSSCCCSSCCSCCSCCCCCSSSCCCCSCCSSTTCCCCSCCCCSSSCSSCCCCSSCSSSTTCSSSCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSSSCSSSSSTTCSCSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSCCCSCCSSCCSSSSCSCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSTTSCCCSSCSSCCCSSCCCCTTSCSSCCCCSSSCSSTTCCCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCCCCCSCCCCSCCCSSCSCCSCSCCSSSSSSCCSSCCCCCSCSCSSCCSSSCCSCSSSCSSSSCCCSSCCCTGGGCSCCCCSSSSCCCCCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCCSCCCCSCCCCCCCCSSSSSSCSCSSSCCSSSCCCCCCSSCCSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSCCSSCSSCCSCSCSCCCCCSSSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSSSCCSSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSSCCCCCCSSCCCSTTCCCCCSSCCSCCCCSSSSTTCCCCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSCCCSSSSCSCCSSCCCCCCCCSCCCSCSSCSCCCCCSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCTTCCCCCSCCSCCSCCCSSCCCSSSSSCCCSCCCSCCSCSCCCSSSSSCCCCCCSCCCSCCTTCCSSCSSSCCSCCCSCSSCTTCCCCCSSSCCCCCCCSSCSSCSSSCSSSSCCSSSCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSCSCCSSCCCCSCSCSCCCSSSSCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCSSCSCSSCCCCSCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCSSSSSCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSSCSCCCSSCCCCCCCSSCCSSCCCSSCCSCCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCSTTCCSSCCSSCCSCCCCSCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCSTTTTSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCCCSSSCCCCSSTTCCCCCCSSSCCCSCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCSSSCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCCCCSSCCSSSSCSSCCSSSSCCSCCCCSSSCSCCCSSSCCCSSCSSCCCSSCCCSCSSSCCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCSCCCCCSSCCCCSSSSCCCSSCCCSSSCCCSSTTTTCCCSSSSSCCCCCCSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCSSCCCSSCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSCSCCCCCCCCCSSCSSSCSCSSCSSCCCCSSCCSCCCCCCCCSSTTTTCSSSCCSSCCSSSCCSCCCCSSCCSSSCTTSCSCCCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCTTCCCCCSCCSSCCCCCSSSCCCCSCSSCSSSSCSSSCCCCSSSSCCSSSSCCCCCCSSCCCSSCSSCSCCSCCCSSCCCSCCSCSSCCCSSTTSSCCSSCSSCCCSSGGGCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCSCSCSCCCCCSSCCSCCCCCSSSSSCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSCCCCCSSCCSCCCCSSCSSCCSSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSSCCSCSSSSCSSCCCCCCCCSSSSCSCCSCSSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCCSSCCCCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCSSCCTTSCSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCCCSSCCSSCCSCCCCSCSCSSSCSSSSCCCCCSCCCSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSTTTCCSCCCCCCSSCSCCCSSCCCCCSSTTCCCSSCCCSSCCCCCSSSCCSSSCCCCCSSCSSCCCSSSTTSCSSSCCCCCCCCCSSCCCCSTTSCCCCCCCCCCCCSCCCCSSCCCCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCSSSSSSCCCCSCSSCCCCCCCSSCCTTSSCCSCCSSSCCCCCCSSSCSSCCSSSCSTTSSSSSCCCSSTTCCCCSSCCSSCCSCCSCSSSCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCSSSCCCCCCCCCSCSCCSSCCCSSCCCCCCSSCSSCCCCTTCCSCCCSSCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCSSSSSCSCCCCSCSSSSCCSCSSCBTTBCCSSCCCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCSCCSSSCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSCSCCCCCCTTTCCCCCSCSSSSSSCCCTTSCCCSSCCSTTCSSCCCSSCCCCCCCCSSSCSCCSTTSCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSSCTTTSSSSSSSCCCCCCSSCCCCSSCCSSCCCCCSSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSCCCCSSSSCSCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSSSCCCSCCCCTTTSCSSSSCCSCCSSCCSSSSCSSCSSSCCCCCCSSSCCSSSSCSSSCCSCSSCCCSSSCSSSCCCSCCCSCCSCSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSSSSSCCCSSSCSCCCCSSSCSSSSSCSSCSCCSCCCCCCCSCSCCSCCCCSSSSCCCCCCCCCSSCCCTTSCCCCCSCCCCCSCCCSSCSSCCCCSSCSSCCCSSCSSCCSSSSCCSSSSCCSSCCCSSSSSSSCCCSCCCSCCSSSSCCCCCCCCSSSCCCSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCTTCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCCCSCCCCCCSSSTTTCSSCCSSCCSCCCSCSSCSSSCSCCSCCCCCSCCCSSSCSSSSCSSCSSSCCSCSCSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCTTSSCCCSSSSSSSCCCCTTCCSCSSSCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCCSSCCSCCCCSCSSSSCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCTTSCCCCCCCCCSSCCSCSSTTTSSSCCSSSSCSSCSSSCSSCCCCCCSCCCCSSSCCCCSCSCCCCSSSTTCCCSCCSSSCSSCCSCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSCCSCCSCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSSSSCCSCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSSGGGCSCCCCSSSCSCCCCSSSCCSCSSSCCSSCSSSCCCCCCCCCCTTCCCSCCCCCCCCCCCCCCSSTTSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSCCSCCCSSCCCSCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCSCSSCCSCCCSSSSCSCCCCCCCCCSSCCSCCCSCSSSCCCCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSSSCCSSCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSCCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCTTTSCCCSSSCCSSSBTTBCCSSSCCSCCSSCCCCSSCCSSSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSSCSSCCSSSCCSCCCCCCCCSCCCTTCSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCSSCCCSCCCCSSSCSCCCCCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCCCSSSSCSCCCCCCSSSSSSCCCCSSSSSSCCCSSCCCSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCCCCSSCCCCCBSSSSCCCCSSSSSSCCSCCSSCCCCCCSCCSSTTCCCCCCSCSTTCCSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSSSCCSSSSSSCCSSSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCSTTCCCCCCSSSCCCCSCCSCCCCCCSSSTTCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSCSSCSCCTTSSSCCSSSCCCSSCSSSSSCCCCSSCCSCCCCSSCCCSSCSSCCSCCSCCCCSSCCCCCSSSSCCTTCSCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSSSCCSCSSCSCSSSSTTCSSCCSCCCCCSCCCCSCCCCCSSCSCCCSSSSSCCCCCSCSSCCSSCSSCCSSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCCCSSCCCTTCCSCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSCSSCSSCSCCSSCCCCSCCCCSCSSSCCCTTCCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCCCCSSSCCCSSSCCSSSCSSCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCSSCCCSSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSSTTTCCCCSCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSCCCCCSCCCSCSSCCSCCSSCCSCCSCCCCSCCSSCSCCCSSCCSCSSSCCCCSSSSCSSCSSSSCSSCSSSCSCSSCCCCCCCSSSSSCSSSCCCCCCCCCCSCSCSSCCSSSCCCSSCCCSSCSCSSSCCCCCSSSCCSSSSSCCSSCCSCCCCTTCSCSSCSSCSSCCSSSTTSCCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCTTSCSSCSSSSSSSCCCSSCCSSCCCCCSSCSSSSSCCCCCCCCSCCCCCCTTSCSSSSCSSCSSSSCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCSSCCSSTTCSCCTTTTSCCCCSCCCCSSSTTCCCCCSSSCCSCSCCCSSCCSSCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCBCSSSCCSCSCCCSCCCCSCSSCCCSSCCCCCCSCCCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSSSSSCSSCSSSSCCCCCCSCSCCCCSSCBSSSSCCCCCSSSCCSSSCSSSSCCCCCSSSCCCTTSSCSSSCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCTTSCCCSCCCCSSSSCCCCSSCSSSSCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSSSCCCCSCCSCCSCCCSCCSSCSCCCSCCCCSCSCCCCSSCCSCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCSSCSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSSCSSSCCSCSSSCSSSCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCSTTTSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCSSSSSCSSSCCCCSCCCCSTTTCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCSSCCSSSCSCCCCSSSSSCCCSSSSCCSCCCCSSSCCSSSSCCCCSSTTCCSCCCCCCCCCSSSCCCTTSSSCSCCCCSSCCSSCSCSCCSSCCCCCCSSSSCSTTSCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSSCSCCCSSCSSCCSSSSCCCCCCSCCCSSSCCCCCCSSSCSSCCCSSCSSCSSCCCCCSCCSCCCSCCCCSSSCCCSSCCCCCSSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCSCCCSSCCSSSCCCCSCCCCSSSSSSCSCCSSSCCCCSSCSSCCSCSCCCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCSSSSCCSSSSSSSSSCCSCCSCCCCSCCSCCCSSSSSSCCSCCSSSCCCSCCCCSSSCCSSCSSSCCCCCCCSCSSCCSCSSCCCCSSCCSSCSCSSCSSSCCSSSSSSCCSSSSSCCCSSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSCSSCCSCSSSCCSCSCCCSSSCCCCSSTTSCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCTTSSCSSCSSSSCCCCCCCCSCSCSSCCCSCCCSCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCSSCCSSCCCSCCCSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCCCSCCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSCCCSCSCCSSSCSCCCCCCSSSCCCCCSSCCTTSCCCCSSCSCCCSSSCSCCCCSCCSCCSSSCCCSSCSCSCSCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCSSCCSSCCCCSSCCCSSSCCCSCCSSSSCCSSCSSCSSCCCCCCCCSCSSCCCCCCCCSCCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSCCTTSSSCSSCSSSCCCCCSSCSCSCCCCSSCSSCCSSCSSCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSCCCCSTTSCSCSCCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSCSCCCCCCSSCCCCCSSCCSCSSSCCSSCSCCCCCSCCCCCCCSSTTCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCCSSTTSSSSCCCCCTTCCCSTTCCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCSSCSSSSSSSCCCSSSSSCSSCCCCCSCCCSCSSCSSTTCSSSCCCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCCCSCCSSCCCCSCSCCCCCCCCCSCCCSSCCSCSCSSSCCSCCCCSCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCSSSCSSCCCCCSCCCSSCTTCCCCCCSSCCCCCCSCSSSSSCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCSSCCBSSCCCCTTSSSCCCCCCSCCCCSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSCCSSSSSSCCCCSCCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSTTCCCCCCSSCSSSSCCCCCCSSCSCCSSSCCCSCCCCCCSSCSSSCSSCCSSSCCTTSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCSSSCCSSSCCCCCSSSCCCCCSSCSSCSCCCCSSSCSSCCCCSCSSCCCCCSSCSSSCSSSSCCCCCCCSCCSSSCCSCCCCCCCCSSCCSCCCCSSCCCCCSSCCCCCCCSCCSCCCSSSCSSSCCCCSSCCCSSCCSSSSCSSSCCCCCCSSSSCCCCCSCCCSSSCCSSCCCSCSCSSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSSCSCSSSCCCTTSSSSSSCCCSSSSSSCCCCSCCCCSCSSCCCSSSCSSCCCCCCCCCSCSCCCCCCSSCCCCCSCCCSSSCCCSSSCSSCCSCSCCCCCCCSSCCCCCSSSSTTCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCSSSSSCCCSCSSSTTTCCCCCCSSSSSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCCCCSCSSSSCSSSCCCCCSSCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSCCCCCSCSSCCSTTCSCCSSTTTCTTCCCCSSCSCSSCTTSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCSSCCCSSCCCCSSCSSSSCTTTTCCSCSCSCCSSCCCSSSCCCCCCCSCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCSCCSCCCSCCCCCCCCCCSSSCSCSSSCSCCCSTTCCSCCSCCSCCSSCSSCCSSSSSTTCCCSSSCSSSSCSSSSCSSSSCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCSCSSSCCCCCCSSSSCCCSSSSCSCCCCSSCCSSTTCSSSCCCSCCCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCSCCCSSSSCCSCCCCCCCCCCSSSSCCSTTCSSCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSCSCCSSCCSCCCCSSSSCCSCCSSCCCCCSSSSCCSSSSSSSCCSSSSSCSSCSCCCSSCCCCCSCSSSSSSSSSCSCCSSCCSSCCSSSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCSSSSSSSCCCSSCCCCCSSCSCCSCSCSSCSCCCCCSSSSCSCCSSSSCSSCSSCCCCSSCSSCSSCCSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCSSCSCCCTTSSSSCCCCSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCSSCCSSCTTCSSSSSCSSTTSSCCCCSCCCCSSSCCSSCSCCSCSCCCSCSSSCCCCCSCCCCCSSCCCCSCCCSSTTCCCCSSCCCCCCCBTTBCSSSCCCCSCCCCCCCSSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSCCCCCCCSCCCSCSSSCCCCSCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCSSSSSCCCCSCCCCCTTCSSCCSSSSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCSSCSSCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSSCCCCCCCSCCSCCSCSCSCCCSSSCCCCCSCCCSCCTTSCCSCCCCCCSCCSSSCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSCSCCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCSCCCCCCSCSSSSSCSSCCCSSCCSCCCCSCCSSTTSSCSCSCCCSSSCTTCCCSSCSSCCCCSCCCSSCCCSSSCSSSCSSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCSCCCCCCCSCCSCCCCCCSSCSCSSSSSCCCSCCSCCSSCSCSCSSCCCCSCCSTTSSSCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCCCCCSCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCSCTTCCCCSCSSSSSSSSCSSCSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCCSSSCCCCSSSSSSSSCCCCCCCSSCCSCCCCSCCCCSSSSSSCSSCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCSCSCCCCCSSCSSCSCCSSSCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCCCSSSSSCCSCCCSSSSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCSCSSSCCCCCCCCCSCCSSGGGCTTCCCCCCCCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSCCCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCCCCCCSCSSSSCCCSSSCCCSCSSSCCSSSSSSCCCSSCSCSSCCCCSSCSSCCCCCCCSCSSCCSCTTCCSCSCSSSCCSSCCCCCCCCCCSCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSSSSCCSSSCCCCSSSCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCSSCSCCCSCCSSCSCSTTSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSCCCCCCSCCCCSCCSSSCSCSSCCCCCSSSCCSCCSCCSSSCCCCCSCSCCCSCCCCSSCCSSSCSSCCCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCCCSCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCSCSSCCSSSSSSSCCCCCCCCCSSCSSSCSCCSSSCSCCCCCSSSSCCSSCCSCSSSSSSSCSCCCSSSSCCSCSCCCCCCCCCSSSSCSSSCSSCCSCCCCCSCCSCSSCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCSCCCSSCCSSCSSSSCCSCCSCCCCCCCCCCSSCCSTTCCCTTSCCCSSCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSSSSSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCSSCSCCCCCCCCCSCCCSSSCSCCCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSTTSCSCCCSSCCCSCCCTTTTTSCCCCCSSCCSCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCSSSCCCCSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCCCCSCSCCCCCSCCCSSCSSCCSSSCCSCCCSSCSSCCCSSSSCCCCCCSSSSSCSSCCSSCCCCCSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCSSCSSCSCCSCCCCCCCCSTTTTSSCCCCCSSCCCSCCCCCSCCGGGCSSCCCCCSSCCCCTTCSCSSSCSSSCSSCCSSCCCSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCSSCCCSSSCCCCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCCCCSSSCCCSCCSCCCCSSSCCCCCSSSCCSSSCCCSCSSSCSCCSSCSSCSSSSCCCSTTCSCSSCCCCSSSCSSSCCCCCSSSCCSCCCCCCSCCCCSSCCSSCCSSSCCCSSSCCSCSSCCCCCCCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCCCCTTCSSSSCCSSSSSSCCCCCSSCSCCCSCCCCSSSTTCSCSSCCCSSCSCCCSSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCCSCCCSCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCSCCCCSSCSSCCCCCCCSSCCSCCSCCCCCCSTTTCSTTCCSSSCSCCSSSCSCCCSCSSCCSSCSCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCSCCCSCCSSSSCSCCCCSSCCCCCSSCSSCSSSSCCSSCCCCCCCCCCCTTTCCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSSSCCSCCSSCCCCCSSSCCCSCSCSCCCCTTCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCSCCCCCCCSSSCCSSSCSSCSSSCSCSSSCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCTTSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSCCSCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCSSCSSSCCCSSSSTTSCSCCCCSSCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSCCCSSCCCCCSSSSCCSCCCCCCCCCSSSSCCCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCSSCSSSCSCCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCSCCSCSSSCCSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSSCSCCCSSSSCSSSSSSCCCCCCCSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCSSCSSSSSCCCSSCSCCCCCSSCSCSSCCSSSCCCCSCSSCSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSSSCCCCCSSCCSCCCSSCCCSSCCSCSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSCSCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSCCSSCCCCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSCSCCSCCSSSSSCCTTCCTTCCCSSCCCCCSSCSCCCCSCCSSSSCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSCSCCSSSCCSSSCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSSCCCSCSCCCCCC

; Pleas cite the following papers:
; Souza, P C T; Alessandri, R; Barnoud, J; Thallmair, S; Faustino, I; Grünewald, F; Patmanidis, I; Abdizadeh, H; Bruininks, B M H; Wassenaar, T A; Kroon, P C; Melcr, J; Nieto, V; Corradi, V; Khan, H M; Domański, J; Javanainen, M; Martinez-Seara, H; Reuter, N; Best, R B; Vattulainen, I; Monticelli, L; Periole, X; Tieleman, D P; de Vries, A H; Marrink, S J;  Nature Methods 2021; 10.1038/s41592-021-01098-3

[ moleculetype ]
molecule_0 1

[ atoms ]
    1 Q5       1 MET BB      1    1 
    2 C6       1 MET SC1     2  0.0 
    3 P2       2 ASP BB      3  0.0 
    4 SQ5n     2 ASP SC1     4 -1.0 
    5 SP2      3 VAL BB      5  0.0 
    6 SC3      3 VAL SC1     6  0.0 
    7 P2       4 PHE BB      7  0.0 
    8 SC4      4 PHE SC1     8  0.0 
    9 TC5      4 PHE SC2     9  0.0 
   10 TC5      4 PHE SC3    10  0.0 
   11 P2       5 MET BB     11  0.0 
   12 C6       5 MET SC1    12  0.0 
   13 P2       6 LYS BB     13  0.0 
   14 SC3      6 LYS SC1    14  0.0 
   15 SQ4p     6 LYS SC2    15  1.0 
   16 SP1      7 GLY BB     16  0.0 
   17 P2       8 LEU BB     17  0.0 
   18 SC2      8 LEU SC1    18  0.0 
   19 P2       9 SER BB     19  0.0 
   20 TP1      9 SER SC1    20  0.0 
   21 P2      10 LYS BB     21  0.0 
   22 SC3     10 LYS SC1    22  0.0 
   23 SQ4p    10 LYS SC2    23  1.0 
   24 SP2     11 ALA BB     24  0.0 
   25 TC3     11 ALA SC1    25  0.0 
   26 P2      12 LYS BB     26  0.0 
   27 SC3     12 LYS SC1    27  0.0 
   28 SQ4p    12 LYS SC2    28  1.0 
   29 P2      13 GLU BB     29  0.0 
   30 Q5n     13 GLU SC1    30 -1.0 
   31 SP1     14 GLY BB     31  0.0 
   32 SP2     15 VAL BB     32  0.0 
   33 SC3     15 VAL SC1    33  0.0 
   34 SP2     16 VAL BB     34  0.0 
   35 SC3     16 VAL SC1    35  0.0 
   36 SP2     17 ALA BB     36  0.0 
   37 TC3     17 ALA SC1    37  0.0 
   38 SP2     18 ALA BB     38  0.0 
   39 TC3     18 ALA SC1    39  0.0 
   40 SP2     19 ALA BB     40  0.0 
   41 TC3     19 ALA SC1    41  0.0 
   42 P2      20 GLU BB     42  0.0 
   43 Q5n     20 GLU SC1    43 -1.0 
   44 P2      21 LYS BB     44  0.0 
   45 SC3     21 LYS SC1    45  0.0 
   46 SQ4p    21 LYS SC2    46  1.0 
   47 P2      22 THR BB     47  0.0 
   48 SP1     22 THR SC1    48  0.0 
   49 P2      23 LYS BB     49  0.0 
   50 SC3     23 LYS SC1    50  0.0 
   51 SQ4p    23 LYS SC2    51  1.0 
   52 P2      24 GLN BB     52  0.0 
   53 P5      24 GLN SC1    53  0.0 
   54 SP1     25 GLY BB     54  0.0 
   55 SP2     26 VAL BB     55  0.0 
   56 SC3     26 VAL SC1    56  0.0 
   57 SP2     27 ALA BB     57  0.0 
   58 TC3     27 ALA SC1    58  0.0 
   59 P2      28 GLU BB     59  0.0 
   60 Q5n     28 GLU SC1    60 -1.0 
   61 SP2     29 ALA BB     61  0.0 
   62 TC3     29 ALA SC1    62  0.0 
   63 SP2     30 ALA BB     63  0.0 
   64 TC3     30 ALA SC1    64  0.0 
   65 SP1     31 GLY BB     65  0.0 
   66 P2      32 LYS BB     66  0.0 
   67 SC3     32 LYS SC1    67  0.0 
   68 SQ4p    32 LYS SC2    68  1.0 
   69 P2      33 THR BB     69  0.0 
   70 SP1     33 THR SC1    70  0.0 
   71 P2      34 LYS BB     71  0.0 
   72 SC3     34 LYS SC1    72  0.0 
   73 SQ4p    34 LYS SC2    73  1.0 
   74 P2      35 GLU BB     74  0.0 
   75 Q5n     35 GLU SC1    75 -1.0 
   76 SP1     36 GLY BB     76  0.0 
   77 SP2     37 VAL BB     77  0.0 
   78 SC3     37 VAL SC1    78  0.0 
   79 P2      38 LEU BB     79  0.0 
   80 SC2     38 LEU SC1    80  0.0 
   81 P2      39 TYR BB     81  0.0 
   82 TC4     39 TYR SC1    82  0.0 
   83 TC5     39 TYR SC2    83  0.0 
   84 TC5     39 TYR SC3    84  0.0 
   85 TN6     39 TYR SC4    85  0.0 
   86 SP2     40 VAL BB     86  0.0 
   87 SC3     40 VAL SC1    87  0.0 
   88 SP1     41 GLY BB     88  0.0 
   89 P2      42 SER BB     89  0.0 
   90 TP1     42 SER SC1    90  0.0 
   91 P2      43 LYS BB     91  0.0 
   92 SC3     43 LYS SC1    92  0.0 
   93 SQ4p    43 LYS SC2    93  1.0 
   94 P2      44 THR BB     94  0.0 
   95 SP1     44 THR SC1    95  0.0 
   96 P2      45 LYS BB     96  0.0 
   97 SC3     45 LYS SC1    97  0.0 
   98 SQ4p    45 LYS SC2    98  1.0 
   99 P2      46 GLU BB     99  0.0 
  100 Q5n     46 GLU SC1   100 -1.0 
  101 SP1     47 GLY BB    101  0.0 
  102 SP2     48 VAL BB    102  0.0 
  103 SC3     48 VAL SC1   103  0.0 
  104 SP2     49 VAL BB    104  0.0 
  105 SC3     49 VAL SC1   105  0.0 
  106 P2      50 HIS BB    106  0.0 
  107 TC4     50 HIS SC1   107  0.0 
  108 TN6d    50 HIS SC2   108  0.0 
  109 TN5a    50 HIS SC3   109  0.0 
  110 SP1     51 GLY BB    110  0.0 
  111 SP2     52 VAL BB    111  0.0 

[pckroon]

Oh that's not good indeed.
We need to linewrap, somehow.

[fgrunewald]

Yep I think that's the reason right there. The secondary structure string is too long for the grompp file reading buffer. In order for you to proceed you can simply delete these comments: ; This file was generated using the following command: ; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep ; martinize with vermouth 0.9.1 ; The following sequence of secondary structure ; was used for the full system: ; CCCCCCCSSSCSSC [...] If you then grompp again it should work.

[pckroon]

Just deleting the one line will do it.
@fgrunewald I guess we need to fix this in the itp writer?

[fgrunewald]

@pckroon agreed! This should be in the writer itself. We just have to think of what the max line length should be

[kesavanekambaram]

@pckroon @fgrunewald Thank you for your help. It's working fine now.

[pckroon]

Any reason for it to not be 80?

[fgrunewald]

nope