Elio Campitelli y Paola Corrales 16/05/2021
La función buscar_perfiles() permite buscar perfiles en función de la
localización, la fecha y la clase. La primera vez que se corre, descarga
el archivo http://sisinta.inta.gob.ar/es/perfiles.geojson.
Si se corre sin argumentos, devuelve todos los perfiles disponibles.
buscar_perfiles() %>%
head(10)## perfil_id numero fecha
## 1 1 1 1976-01-01
## 2 3 13/656 C 1967-03-17
## 3 4 13/1255 C 1969-10-24
## 4 6 37 C 1987-08-21
## 5 7 789 C 1900-01-01
## 6 18 6/207 C 1965-05-02
## 7 22 15 C 1990-01-01
## 8 28 9/1431 C 1969-09-20
## 9 38 23/1245 C 1989-06-01
## 10 46 46 1900-01-01
## clase lon lat
## 1 Natralbol típico, franca fina, mixta, térmica -61.85000 -34.17250
## 2 Natralbol típico -60.74271 -34.46339
## 3 Argiacuol típico, fina, illítica -58.35011 -35.09693
## 4 Hapludol éntico, franca gruesa -62.40742 -34.87200
## 5 Natracualf típico, limosa fina, mixta, térmica -62.20000 -34.10667
## 6 Argiudol típico, fina, illítica, térmica -59.42444 -33.83333
## 7 Natracuol dúrico -62.80778 -34.45722
## 8 Argiudol abrúptico -58.29163 -35.17931
## 9 Hapludol típico, franca fina, mixta, térmica -61.93083 -35.78833
## 10 Argiudol típico, limosa/arcillosa fina,mixta, térmica -61.55278 -33.82500
Técnicamente, también lista algunos perfiles que no están disponibles públicamente:
buscar_perfiles() %>%
filter(clase == "No disponible") %>%
head(10)## perfil_id numero fecha clase lon lat
## 1 54 11-C 1900-01-01 No disponible -62.46667 -34.53750
## 2 202 1/803 C 1968-02-17 No disponible -60.78861 -33.02639
## 3 305 25/1269 C 1900-01-01 No disponible -59.25722 -38.42556
## 4 311 9-952-C 1967-08-22 No disponible -61.05556 -33.42778
## 5 363 13/861 C 1967-10-26 No disponible -60.20300 -33.45313
## 6 422 3 - 4 C 1965-06-11 No disponible -59.97324 -33.64536
## 7 423 423 1966-01-01 No disponible -61.51750 -32.61556
## 8 427 427 1966-01-01 No disponible -61.05556 -33.42778
## 9 538 9/275 C 1965-11-11 No disponible -59.65497 -34.03202
## 10 765 4/98 C 1965-11-26 No disponible -59.30128 -34.36846
La búsqueda por clase devuelve todos los perfiles que contienen alguno de los términos a buscar. Por ejemplo, la siguiente búsqueda devuelve los perfiles que contengan “hapludol” o “natralbol”.
buscar_perfiles(clase = c("hapludol", "natralbol")) %>%
head(10)## perfil_id numero fecha
## 1 1 1 1976-01-01
## 2 3 13/656 C 1967-03-17
## 4 6 37 C 1987-08-21
## 9 38 23/1245 C 1989-06-01
## 13 63 C-60 1990-11-08
## 18 75 2-C 1900-01-01
## 21 86 11/1039 C 1967-03-29
## 22 92 46-C 1900-01-01
## 23 107 01 C 1989-12-01
## 29 173 173 C 1900-01-01
## clase lon lat
## 1 Natralbol típico, franca fina, mixta, térmica -61.85000 -34.17250
## 2 Natralbol típico -60.74271 -34.46339
## 4 Hapludol éntico, franca gruesa -62.40742 -34.87200
## 9 Hapludol típico, franca fina, mixta, térmica -61.93083 -35.78833
## 13 Hapludol éntico -63.28000 -35.62917
## 18 Hapludol éntico -62.12222 -34.22250
## 21 Natralbol típico, limosa fina, mixta, térmica -61.15417 -33.75278
## 22 Hapludol thapto árgico -63.18889 -35.07639
## 23 Hapludol cumúlico, franca gruesa, mixta, térmica -63.38333 -35.56722
## 29 Hapludol thapto nátrico, limosa fina, mixta, térmica -62.05000 -33.82111
También se puede buscar for fechas. La siguiente búsqueda devuelve los perfiles realizados durante 2019.
buscar_perfiles(rango_fecha = c("2019-01-01", "2019-12-31")) %>%
head(10)## perfil_id numero fecha clase lon lat
## 4985 6347 6347 2019-08-21 Haplustol éntico -62.72870 -27.27495
## 4987 6349 6349 2019-08-22 Haplustol típico -62.66934 -27.29891
## 4999 6361 6361 2019-08-23 Haplustol éntico -62.62589 -27.30923
## 5167 6570 2728 2019-07-04 Albacultes típicos -56.57436 -28.56103
## 5170 6574 6574 2019-09-04 Kandihumultes oxiácuicos -56.44781 -28.42986
## 5171 6575 2731 2019-08-06 Epiacueptes aéricos -56.12493 -28.02513
## 5172 6576 2732 2019-09-05 Paleacultes aéricos -56.28889 -28.25750
## 5173 6577 2733 2019-08-06 Humacueptes fluvacuénticos -56.46022 -28.19897
## 5176 6580 2734 2019-06-11 Distrocreptes -55.71389 -28.38722
## 5177 6581 2735 2019-08-07 Epiacueptes aéricos -56.53306 -28.19444
La combinación de criterios de búsqueda devuelve los perfiles que cumplen con ambos criterios. La siguiente búsqueda devuelve perfiles obtenidos en 2019 y que tienen “hapludol” o “natralbol”.
buscar_perfiles(rango_fecha = c("2019-01-01", "2019-12-31"),
clase = c("hapludol", "natralbol"))## perfil_id numero fecha clase lon lat
## 5213 6653 2811 2019-06-13 Hapludoles -55.73508 -28.33719
Para descargar lo datos de los perfiles se usa la función
get_perfiles(). Ésta toma un vector con los ids de los perfiles a
descargar.
get_perfiles(c(6653, 6347, 6580)) %>%
.[, 1:5] %>%
head(10)## analitico_registro analitico_humedad analitico_s analitico_t
## 1 21711 NA 5.93 19.73
## 2 21712 NA 5.82 18.22
## 3 NA NA NA NA
## 4 NA NA NA NA
## 5 NA NA NA 15.84
## 6 NA NA NA 15.07
## 7 NA NA NA 16.10
## 8 NA NA NA NA
## 9 21687 NA 1.49 20.89
## 10 21688 NA 1.24 18.34
## analitico_ph_pasta
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## 7 NA
## 8 NA
## 9 NA
## 10 NA
Alternativamente, puede tomar un data.frame que tenga una columna
llamada “perfil_id”. Esto es así para que se pueda usar directamente la
salida de buscar_perfiles() para descargar los perfiles buscados.
buscar_perfiles(rango_fecha = c("2019-01-01", "2019-12-31"),
clase = c("hapludol", "natralbol")) %>%
get_perfiles() %>%
.[, 1:5] ## analitico_registro analitico_humedad analitico_s analitico_t
## 1 21711 NA 5.93 19.73
## 2 21712 NA 5.82 18.22
## 3 NA NA NA NA
## analitico_ph_pasta
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
get_perfiles() por defecto descarga los datos en una carpeta temporal
de modo que si se vuelve a correr la misma línea de código no descarga
el o los perfil nuevamente.
# Primera llamada, tarda porque descarga los datos
system.time(get_perfiles(c(3238, 3182)))## user system elapsed
## 0.029 0.000 1.208
# Segunda llamada, levanta los datos de la carpeta temporal
system.time(get_perfiles(c(3238, 3182)))## user system elapsed
## 0.007 0.001 0.007
La carpeta de descarga se puede cambiar con el argumento dir de modo
que se puede cambiar a una carpeta permanente de datos dentro de un
proyecto. Para forzar la re-descarga de los datos, hay que setear el
argumento refresh = TRUE.
Algunos perfiles no se pueden descargar públicamente. Cuando pasa esto,
get_perfiles() devuelve un data.frame con los perfiles que sí se
pudieron descargar y un warning describiendo qué problemas
hubo.
perfiles <- get_perfiles(c(3182, 4609))## Warning in get_perfiles(c(3182, 4609)): No se pudieron descargar los siguientes perfiles:
## * 4609 (#2). Razón: No estás autorizado para realizar esta acción
Para elevar este warning a un error, hay que setear el argumento
parar_en_error a TRUE. En este caso, la función va a tirar error al
primer perfil que no pueda
descargar.
get_perfiles(c(3182, 4609), parar_en_error = TRUE)## Error in FUN(X[[i]], ...): Error al descargar el perfil 4609 (#2). Razón: No estás autorizado para realizar esta acción
Para convertir los perfiles a un SoilProfileCollection se usa
as_SoilProfileCollection(). En este caso convertimos dos perfiles al
mismo tiempo.
get_perfiles(c(3355, 3205)) %>%
as_SoilProfileCollection()## converting profile IDs from integer to character
## SoilProfileCollection with 2 profiles and 14 horizons
## profile ID: perfil_id | horizon ID: hzID
## Depth range: 145 - 205 cm
##
## ----- Horizons (6 / 14 rows | 10 / 63 columns) -----
## perfil_id hzID profundidad_superior profundidad_inferior analitico_registro
## 3205 1 0 15 NA
## 3205 2 15 30 NA
## 3205 3 30 60 NA
## 3205 4 60 80 NA
## 3205 5 80 100 NA
## 3205 6 100 130 NA
## analitico_humedad analitico_s analitico_t analitico_ph_pasta analitico_ph_h2o
## NA 16.2 22.1 5.6 5.9
## NA 9.7 13.7 6.1 6.4
## NA 19.6 21.9 6.6 7.0
## NA 23.2 24.1 6.9 7.2
## NA 22.3 23.1 7.4 7.8
## NA 18.1 19.1 7.5 7.9
## [... more horizons ...]
##
## ----- Sites (2 / 2 rows | 10 / 44 columns) -----
## perfil_id perfil_numero perfil_profundidad_napa perfil_cobertura_vegetal
## 3205 CAO NA NA
## 3355 3355 175 NA
## perfil_material_original perfil_modal perfil_fecha
## NA modal 0001-01-01
## NA modal 0001-01-01
## perfil_vegetacion_o_cultivos perfil_observaciones perfil_publico
## NA NA true
## NA NA true
##
## Spatial Data:
## [EMPTY]
Utilizando la librería {aqp}, se pueden plotear los perfiles.
library(aqp)
get_perfiles(c(3355, 3205)) %>%
as_SoilProfileCollection() %>%
plot()
La función interpolar_perfiles() permite transformar el perfil en
horizontes estandarizados utilizando (por ahora) promedios ponderados.
El argumento variables recibe un vector con las variables a
estandarizar y por defecto genera horizontes cada 30 centrímetros.
get_perfiles(c(3238, 4634)) %>%
interpolar_perfiles(variables = c("analitico_s", "analitico_t"))## perfil_id profundidad_superior profundidad_inferior analitico_s analitico_t
## 1 3238 0 30 12.40000 14.40000
## 2 3238 30 60 20.04000 22.10000
## 3 3238 60 90 23.10000 25.50000
## 4 3238 90 120 20.41000 21.82000
## 5 3238 120 150 NA NA
## 6 4634 0 30 23.45333 20.64000
## 7 4634 30 60 36.32667 21.66667
## 8 4634 60 90 46.50000 28.20000
## 9 4634 90 120 46.50000 28.20000
## 10 4634 120 150 46.50000 28.20000
## perfil_numero perfil_profundidad_napa perfil_cobertura_vegetal
## 1 3238 NA NA
## 2 3238 NA NA
## 3 3238 NA NA
## 4 3238 NA NA
## 5 3238 NA NA
## 6 4634 NA NA
## 7 4634 NA NA
## 8 4634 NA NA
## 9 4634 NA NA
## 10 4634 NA NA
## perfil_material_original perfil_modal perfil_fecha
## 1 <NA> modal 0001-01-01
## 2 <NA> modal 0001-01-01
## 3 <NA> modal 0001-01-01
## 4 <NA> modal 0001-01-01
## 5 <NA> modal 0001-01-01
## 6 Loes modal 0001-01-01
## 7 Loes modal 0001-01-01
## 8 Loes modal 0001-01-01
## 9 Loes modal 0001-01-01
## 10 Loes modal 0001-01-01
## perfil_vegetacion_o_cultivos
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 Bosque bajo abierto (ralera)
## 7 Bosque bajo abierto (ralera)
## 8 Bosque bajo abierto (ralera)
## 9 Bosque bajo abierto (ralera)
## 10 Bosque bajo abierto (ralera)
## perfil_observaciones
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 7 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 8 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 9 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 10 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## perfil_publico perfil_capacidad_subclases perfil_capacidad_clase
## 1 true <NA> <NA>
## 2 true <NA> <NA>
## 3 true <NA> <NA>
## 4 true <NA> <NA>
## 5 true <NA> <NA>
## 6 true es VI
## 7 true es VI
## 8 true es VI
## 9 true es VI
## 10 true es VI
## perfil_ubicacion_descripcion perfil_ubicacion_recorrido
## 1 <NA> NA
## 2 <NA> NA
## 3 <NA> NA
## 4 <NA> NA
## 5 <NA> NA
## 6 Departamento Chacabuco. Chaco NA
## 7 Departamento Chacabuco. Chaco NA
## 8 Departamento Chacabuco. Chaco NA
## 9 Departamento Chacabuco. Chaco NA
## 10 Departamento Chacabuco. Chaco NA
## perfil_ubicacion_mosaico perfil_ubicacion_aerofoto perfil_ubicacion_latitud
## 1 NA NA -31.98333
## 2 NA NA -31.98333
## 3 NA NA -31.98333
## 4 NA NA -31.98333
## 5 NA NA -31.98333
## 6 NA NA -27.13803
## 7 NA NA -27.13803
## 8 NA NA -27.13803
## 9 NA NA -27.13803
## 10 NA NA -27.13803
## perfil_ubicacion_longitud perfil_paisaje_tipo perfil_paisaje_forma
## 1 -61.00083 NA NA
## 2 -61.00083 NA NA
## 3 -61.00083 NA NA
## 4 -61.00083 NA NA
## 5 -61.00083 NA NA
## 6 -61.47845 NA NA
## 7 -61.47845 NA NA
## 8 -61.47845 NA NA
## 9 -61.47845 NA NA
## 10 -61.47845 NA NA
## perfil_paisaje_simbolo perfil_humedad_subclases perfil_humedad_clase
## 1 NA NA NA
## 2 NA NA NA
## 3 NA NA NA
## 4 NA NA NA
## 5 NA NA NA
## 6 NA NA NA
## 7 NA NA NA
## 8 NA NA NA
## 9 NA NA NA
## 10 NA NA NA
## perfil_erosion_clase perfil_erosion_subclase perfil_pedregosidad_clase
## 1 <NA> <NA> NA
## 2 <NA> <NA> NA
## 3 <NA> <NA> NA
## 4 <NA> <NA> NA
## 5 <NA> <NA> NA
## 6 moderada hídrica NA
## 7 moderada hídrica NA
## 8 moderada hídrica NA
## 9 moderada hídrica NA
## 10 moderada hídrica NA
## perfil_pedregosidad_subclase perfil_serie_nombre perfil_serie_simbolo
## 1 NA Arocena ARO
## 2 NA Arocena ARO
## 3 NA Arocena ARO
## 4 NA Arocena ARO
## 5 NA Arocena ARO
## 6 NA Doce de Octubre Df
## 7 NA Doce de Octubre Df
## 8 NA Doce de Octubre Df
## 9 NA Doce de Octubre Df
## 10 NA Doce de Octubre Df
## perfil_serie_descripcion perfil_serie_provincia perfil_grupo_codigo
## 1 NA Santa Fe NA
## 2 NA Santa Fe NA
## 3 NA Santa Fe NA
## 4 NA Santa Fe NA
## 5 NA Santa Fe NA
## 6 NA Chaco NA
## 7 NA Chaco NA
## 8 NA Chaco NA
## 9 NA Chaco NA
## 10 NA Chaco NA
## perfil_grupo_descripcion perfil_fase_codigo perfil_fase_nombre
## 1 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
## 2 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
## 3 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
## 4 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
## 5 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
## 6 Natrustalf ácuico NA NA
## 7 Natrustalf ácuico NA NA
## 8 Natrustalf ácuico NA NA
## 9 Natrustalf ácuico NA NA
## 10 Natrustalf ácuico NA NA
## perfil_sales perfil_uso_de_la_tierra perfil_relieve perfil_permeabilidad
## 1 NA <NA> <NA> <NA>
## 2 NA <NA> <NA> <NA>
## 3 NA <NA> <NA> <NA>
## 4 NA <NA> <NA> <NA>
## 5 NA <NA> <NA> <NA>
## 6 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## 7 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## 8 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## 9 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## 10 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## perfil_escurrimiento perfil_pendiente perfil_anegamiento perfil_drenaje
## 1 NA NA <NA> clase 4
## 2 NA NA <NA> clase 4
## 3 NA NA <NA> clase 4
## 4 NA NA <NA> clase 4
## 5 NA NA <NA> clase 4
## 6 NA NA clase 2 clase 3
## 7 NA NA clase 2 clase 3
## 8 NA NA clase 2 clase 3
## 9 NA NA clase 2 clase 3
## 10 NA NA clase 2 clase 3
## perfil_posicion
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 tendido
## 7 tendido
## 8 tendido
## 9 tendido
## 10 tendido
También es posible definir los horizontes estandarizados utilizando el
argumento horizontes, por ejemplo de 0 a 100, cada 10 centímetros.
get_perfiles(c(3238, 4634)) %>%
interpolar_perfiles(variables = c("analitico_s", "analitico_t"),
horizontes = seq(0, 100, 10))## perfil_id profundidad_superior profundidad_inferior analitico_s analitico_t
## 1 3238 0 10 12.40 14.40
## 2 3238 10 20 12.40 14.40
## 3 3238 20 30 12.40 14.40
## 4 3238 30 40 13.80 15.50
## 5 3238 40 50 22.12 24.30
## 6 3238 50 60 24.20 26.50
## 7 3238 60 70 24.20 26.50
## 8 3238 70 80 23.10 25.50
## 9 3238 80 90 22.00 24.50
## 10 3238 90 100 21.32 23.26
## 11 4634 0 10 18.92 19.52
## 12 4634 10 20 20.40 21.20
## 13 4634 20 30 31.04 21.20
## 14 4634 30 40 35.60 21.20
## 15 4634 40 50 35.60 21.20
## 16 4634 50 60 37.78 22.60
## 17 4634 60 70 46.50 28.20
## 18 4634 70 80 46.50 28.20
## 19 4634 80 90 46.50 28.20
## 20 4634 90 100 46.50 28.20
## perfil_numero perfil_profundidad_napa perfil_cobertura_vegetal
## 1 3238 NA NA
## 2 3238 NA NA
## 3 3238 NA NA
## 4 3238 NA NA
## 5 3238 NA NA
## 6 3238 NA NA
## 7 3238 NA NA
## 8 3238 NA NA
## 9 3238 NA NA
## 10 3238 NA NA
## 11 4634 NA NA
## 12 4634 NA NA
## 13 4634 NA NA
## 14 4634 NA NA
## 15 4634 NA NA
## 16 4634 NA NA
## 17 4634 NA NA
## 18 4634 NA NA
## 19 4634 NA NA
## 20 4634 NA NA
## perfil_material_original perfil_modal perfil_fecha
## 1 <NA> modal 0001-01-01
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## 11 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
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## 13 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 14 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 15 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 16 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 17 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 18 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 19 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
## 20 Coordenadas tomadas del libro: Compactaciones naturales y antrópicas en Suelos Argentinos. Capítulo 2: Fragipanes en la provincia del Chaco: identifcación, propiedades y distribución.
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## 10 Argiudol típico, arcillosa fina NA NA
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## 20 Natrustalf ácuico NA NA
## perfil_sales perfil_uso_de_la_tierra perfil_relieve perfil_permeabilidad
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## 20 NA ganadero subnormal moderadamente lenta
## perfil_escurrimiento perfil_pendiente perfil_anegamiento perfil_drenaje
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## 11 tendido
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## 13 tendido
## 14 tendido
## 15 tendido
## 16 tendido
## 17 tendido
## 18 tendido
## 19 tendido
## 20 tendido
La función exportar_excel() permite exportar perfiles de SISINTA en
formato MS Excel. Esta función recibe un data.frame con perfiles leidos
o el resultado de get_perfiles(). El archivo de excel tendrá dos
hojas, la primera con los datos del sitio llamada “sitios” y la segunda
con los datos de los horizontes, llamada “horizontes”.
archivo <- tempfile(fileext = ".xlsx") # Temporal para el ejemplo
exportar_excel(get_perfiles(c(3238, 4634)), archivo)